jmol安装使用

  1. jmol的好处:
  2. jmol下载地址:
  3. java运行环境(JRE)安装

原作者Pai Li,本文转自一个人就是一个叠加态的博客http://blog.sina.com.cn/s/blog_b364ab230102vya1.html

jmol的好处:

  1. 用java写的,在win,linux,mac系统中都能方便使用。
  2. 能直接可视化vasp结构文件(POSCAR,CONTCAR),cif格式,及xyz动画格式。
  3. 默认显示键长
    需要说明,显示vasp结构文件时,原子颜色没有区分,其他格式没有问题。可使用pos2cif.pl等脚本将POSCAR或CONTCAR转成cif文件再查看。

jmol下载地址:

http://sourceforge.net/projects/jmol/files/latest/download?source=files
jmol的运行需要系统安装了java运行环境(JRE)。在此条件下,win用jmol.bat,linux用jmol.sh, mac用jmol.mac。 shell中运行可以直接在jmol.sh后加结构文件名,win环境中可直接将结构文件往jmol界面拖即可加载该结构文件。

java运行环境(JRE)安装

JRE下载地址:
http://www.java.com/en/download/manual.jsp

  1. win系统
    直接下载安装即可

  2. linux系统

    可先输入命令java -version判断系统是否已经安装java

    若没有安装,下载rpm安装包。root用户直接进行普通的rpm安装即可。非root用户可用以下方法:

    1
    rpm2cpio *.rpm |cpio -idvm

    得到usr文件夹,里面有bin文件夹,java运行环境即安装成功。

    记得将java的bin目录加入环境变量。然后用java -version查看版本信息以判断是否安装成功。

    若显示:

    1
    2
    Error occurred during initialization of VM
    java/lang/NoClassDefFoundError: java/lang/Object

    则进入与bin文件夹同级的lib文件夹,将里面的所有后缀为pack的文件用bin里面的unpack200解压成jar文件即可。命令如下:

    1
    2
    3
    4
    5
    for i in *.pack
    do
    a=`echo $i|cut -d . -f 1`
    ../bin/unpack200 $i $a.jar
    done

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