使用Jmol制作分子轨迹动画以及旋转动画

  1. 将几何优化或者分子动力学计算的轨迹展示为动画
  2. 360度展示单个分子

原作者Yafan Zhao,本文转自zevan的博客

Jmol是一个强大的软件。使用Jmol可以很轻松的制作一些分子动画, 在Jmol官方wiki上有详细的介绍。
这里以两种情况为例:

将几何优化或者分子动力学计算的轨迹展示为动画

首先,编写jmol脚本如下:

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frame 1
num_frames = getProperty("modelInfo.modelCount")
for (var i = 1; i <= num_frames; i = i+10)
frame @i
var filename = "movie"+("00000"+i)[-4][0]+".jpg"
write IMAGE JPG @filename
end for

将这段脚本保存为makemovie.jmol文件。使用Jmol打开轨迹文件,设置好颜色、背景、键的粗细、原子的大小等琐碎的细节。在Jmol的界面上点击文件->控制台,在出现的类似命令行终端下输入script makemovle.jmol,Jmol会输出一系列的JPG格式的图片。
使用convert命令来将jpg图片转化为gif文件。

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convert -delay 10 movie00*.jpg B20-movie.gif

效果如图所示:

360度展示单个分子

类似的,编写jmol脚本如下:

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# goal: a 360 degree spin 
~degstep = 10 # or 2, degrees per step
~degrees = 0 # total degrees rotated
while (~degrees < 360)
{
# SPIN
rotate y @~degstep
~degrees += ~degstep
# DISPLAY/WRITE FRAME
refresh
~whereami = "degrees = " + ~degrees
print ~whereami
~fileprefix = "Pic/"
# UNCOMMENT TO GENERATE EXTRA FRAMES REQUIRED FOR WMV. COMMENT OUT FOR MP4.
~degreesplus = 1000 + ~degrees
~towrite = ~fileprefix + "B20_" + ~degreesplus + ".jpg"
# WRITE THE IMAGE
write image jpg @~towrite
}

保存以上脚本为rotate.jmol文件。使用Jmol打开分子坐标文件,设置好颜色、背景、键的粗细、原子的大小等琐碎的细节。在当前文件夹下建立一个Pic文件夹。在控制台下输入 script rotate.jmol,Jmol会输出一系列的JPG格式的图片。
最后使用convert命令来生成旋转的分子动画。

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convert -delay 25 B20_*.jpg B20_anim.gif

效果如下:

参考文献:
http://wiki.jmol.org/index.php/Creating_Movies


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