第一性原理计算学习资料链接大全 (更新中)

  1. 晶体结构数据库:
  2. 相关第一性原理计算程序主页
  3. 学习资料:
  4. 补充内容

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此文作为固体与表面计算初级培训班讲义上的相关链接的电子版,方便学员使用。

晶体结构数据库:

(1)ICSD – the Inorganic Crystal Structure Database

无机晶体数据库。

http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html

(2)CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre

剑桥晶体数据库

https://www.ccdc.cam.ac.uk/

(3) COD – 开放晶体结构数据库(Crystallography Open Database)

http://www.crystallography.net/cod/

(4) Materials Project(强烈推荐)

https://materialsproject.org/

(5) AMCSD – American Mineralogist Crystal Structure Database,美国矿物质晶体结构数据库

http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php

(6)AFLOWhttp://www.aflowlib.org/

(7)拓扑材料:(该部分内容参考:http://blog.sciencenet.cn/blog-1502061-1130705.html

Materiae :http://materiae.iphy.ac.cn/#/

Topological Materials Arsenal:https://ccmp.nju.edu.cn/

Topological Materials Database: http://topologicalquantumchemistry.org/#/

(8)二维材料:

Materials Cloud:https://www.materialscloud.org/discover/2dstructures/dashboard/ptable

2D Materials:https://materialsweb.org/twodmaterials

(9)超导材料

第I类超导体:http://www.superconductors.org/Type1.htm

第II类超导体:http://www.superconductors.org/Type2.htm

(10)磁结构数据库

MAGNDATA: http://webbdcrista1.ehu.es/magndata/index.php?show_db=1

相关第一性原理计算程序主页

VASP: Vienna Ab-initio Simulation Package主页:www.vasp.at

VASP官网vasp简介:https://www.vasp.at/index.php/about-vasp/59-about-vasp

CP2K主页: www.cp2k.org

Quantum espresso 主页:https://www.quantum-espresso.org/

abinit主页https://www.abinit.org/

Castep主页http://www.castep.org/

MS的介绍可以到创腾科技的网站上看:http://www.neotrident.com/product/detail.aspx?id=9

VESTAhttp://jp-minerals.org/vesta/en/

Jmolhttp://jmol.sourceforge.net/

VASPKIThttp://vaspkit.sourceforge.net/

VASPKIT手册:https://tamaswells.github.io/VASPKIT_manual/manual0.73/vaspkit-manual-0.73.html

qvasphttp://www.goscience.cn/user/uservideo?id=195/

VTST脚本库http://theory.cm.utexas.edu/vasp/scripts.html

P4vasphttp://www.p4vasp.at

wxDragonhttp://www.wxdragon.de/

phonopyhttps://atztogo.github.io/phonopy/

phono3pyhttps://atztogo.github.io/phono3py/

Atomic Simulation Environmenthttps://wiki.fysik.dtu.dk/ase/

Pymatgen (Python Materials Genomics)https://pymatgen.org/

CatMaphttps://catmap.readthedocs.io/

Lobsterhttp://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6

Periodic NBOhttps://schmidt.chem.wisc.edu/nbosoftware

ssAdNDPhttp://ion.chem.usu.edu/~boldyrev/ssadndp.php

Wannier90http://www.wannier.org/

BoltzTraPhttps://www.imc.tuwien.ac.at/forschungsbereich_theoretische_chemie/forschungsgruppen/prof_dr_gkh_madsen_theoretical_materials_chemistry/boltztrap/

学习资料:

VASP英文学习资料,VASP官网(可能需要翻墙) documentaion

https://www.vasp.at/index.php/documentation

VASP workshop(推荐)

2017年:http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_workshop

2016年:http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016

A 3-day VASP Workshop at NERSC (2016)

https://www.bilibili.com/video/av50761532?from=search&seid=301275256182197154

http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/

文档资料链接:https://pan.baidu.com/s/1w5drGqQtWT6dWznk_l9uig 提取码:6pb5

National Energy Research Scientific Computing Center,这是VASP更新5.4版本以后,由VASP作者之一Martijn Marsman讲解的,适合有一定基础的同学看,有配套的ppt和完整的视频。

VASP Workshop (2014)

美国布鲁克黑文国家实验室(Brookhaven National Laboratory,简称BNL) 举行的vasp workshop,更为详细内容也更为丰富。

https://wiki.bnl.gov/CFN-Computation/index.php/Workshop2014

网盘:链接:https://pan.baidu.com/s/1-Wv6TtAoapS-W1KiA2eh1Q 密码:0nnn

VASPwiki上所有的计算案例

https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Category:Examples

VASP官方论坛:(需要vasp license注册)

https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php

最好的中文资料:大师兄科研网

http://www.bigbrosci.com

VASP 0基础入门中文视频资料:

https://space.bilibili.com/45550176/#/

VASP 编译方法:

http://sobereva.com/455
https://www.bilibili.com/video/av39616222/
https://www.bilibili.com/video/av33956717

第一性原理计算相关博文专栏

学术之友微信公众号和知乎专栏:https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft

兰一CP2k知乎专栏:https://zhuanlan.zhihu.com/cp2k-tutorial

一个人就是一个叠加态(Li pai):http://blog.sina.com.cn/lipai91

ruichun xiao:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1502061

yunhai Li:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2909108

jicun Li:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=548663

Pengfei Liu: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3352196

zheyong fan:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863

zhaofu zhang: http://blog.sciencenet.cn/u/zhangfrank

zhibin gao:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1524047

xiaoxia yu:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3222255

zhiqiang zhao:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193

lingju guo:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347

Jin-Cheng Liu:http://blog.wangruixing.cn/

叶小球:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=567091

Nan Xu github:https://github.com/tamaswells

QijingZheng github:https://github.com/QijingZheng

Chenists github:https://github.com/Chenists/VASP

ChengCheng Xiao github:https://github.com/Chengcheng-Xiao?tab=repositories

ShaoZhengjiang github:https://github.com/PytLab

量子化学学习网站:

思想家公社的门口:

http://sobereva.com

谈谈学量子化学如何正确地入门:

http://sobereva.com/355

计算化学公社论坛:

http://bbs.keinsci.com/forum.php

补充内容

单位转化:

http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html

https://www.unitconverters.net/length-converter.html

狄拉克符号:

https://en.wikipedia.org/wiki/Bra%E2%80%93ket_notation

算符:

https://en.wikipedia.org/wiki/Operator_(physics)

VASP中所支持的GGA泛函:

http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/GGA

空间群对称性和其布里渊区的信息http://cryst.ehu.es/

http://www.cryst.ehu.es/cryst/get_kvec.html

看布里渊区和自动生成高对称点路径的网站:

https://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath

ISMEARSIGMA控制如何处理费米能级附近,分数占据的轨道和能级的展宽。

vaspwiki:http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/ISMEAR

简单的原理介绍:https://docs.quantumwise.com/v2017/manuals/technicalnotes/occupation_methods/occupation_methods.html

傅里叶变换科普:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/19763358

关于VASP电子步能量的细节的讨论:

https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/viewtopic.php?t=273


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